De haven van Zeebrugge wordt uitgebaat door de ‘Maatschappij van de Brugse Zeehaven’ (MBZ) nv en wordt ook wel ‘het havenbestuur’ genoemd. De MBZ is een autonoom publiekrechtelijk overheidsbedrijf met de Stad Brugge als hoofdaandeelhouder. De maatschappij werd opgericht in 1895 en staat sindsdien in voor de technische, nautische en commerciële aspecten van het havenbeheer. De haven wordt hierbij op een duurzame wijze uitgebouwd, met de focus op een evenwichtige verhouding tussen mens, milieu en welvaart.
Het havenbestuur is onder meer verantwoordelijk voor grote infrastructuurwerken zoals het bouwen van kaaimuren en steigers, terreinverharding en wegeniswerken. Ook het onderhoud hiervan valt onder haar bevoegdheid. Haventerreinen worden tegen vergoeding in concessie gegeven aan privé-bedrijven (terminals) die voor hun klanten de schepen laden en lossen en opslagruimte bieden. Andere grote bronnen van inkomsten voor het havenbestuur zijn het tonnenmaatrecht op de schepen die aanleggen en het vrachtrecht op de lading die wordt overgeslagen.
De coördinatie van het scheepvaartverkeer, de bediening van bruggen en sluizen evenals bewaking en toezicht binnen de havengrenzen behoren tot de taken van de havendienst.
Verder ondersteunt het havenbestuur de havenklanten bij het uitbouwen van hun activiteiten. Zij is ook continu op zoek naar nieuw havencliënteel (rederijen, stuwadoors, distributiebedrijven) door wereldwijd promotie te voeren tijdens beurzen, handelsmissies en promotiedagen.
Het havenbestuur heeft bovendien als opdracht de toekomststrategie uit te stippelen en de havenontsluiting te optimaliseren. Om het maatschappelijk draagvlak voor de haven te vergroten hoort ook het continu informeren van het brede publiek tot het takenpakket.
